К югу от Москвы на восемнадцатой версте старого Варшавского тракта (он был проложен в 1845 г.) во второй половине XIX века стояла деревня Бутово, в последствии давшая название железнодорожной станции и дачному поселку.
Название Бутово происходит от слова «бут» — мелкого строительного камня, который, согласно архивным документам XVII века, издавна добывался в здешних краях.
История села Дрожжино восходит ко временам великого князя Василия III, к началу XVI века, когда Андрей Дрожжин вместе с Андреем Вяземским и Михаилом Глинским перешли из Литовско-Польского королевства на службу московского князя. Новый служилый князя был пожалован земельным наделом и деревней с крестьянами. Первоначально деревню называли по имени ее нового владельца — Дрожжино, а после строительства церкви во имя свв. бессребреников Космы и Дамиана стали называть «Космодамианское, Дрожжино тож».
От «полустанции Бутово» проселочная дорога вела через лес к имению Дрожжино. На протяжении всего XVIII века владельцы сельца Дрожжино часто сменяли друг друга. В начале десятых годов XIX века владение переходит к действительному статскому советнику Алексею Ивановичу Арсеньеву и двум его дочерям: Александре и Марии. В 1887 г. Дрожжино было продано с публичных торгов елабужскому купцу С. П. Петрову, а через два года имение приобрели новые владельцы — супруги Соловьевы.
Супруги владели здешней землей в равных долях по 110 десятин. За год до этого в 1889 г. Н. М. Соловьевым был основан на здешних землях конный завод (в разные годы завод насчитывал от 80 до 150 лошадей). С конца 1911 г. новым обладателем конного завода стал Иван Иванович Зимин — представитель известного рода купцов-промышленников. В августе 1915 г. он выкупает и имение. Вступив во владение усадьбой, Иван Иванович Зимин уступил деревню Дрожжино соседу, помещику Н. О. Сушкину, чье имение находилось на Щербинке. Постепенно название Дрожжино исчезает из разговоров владельцев усадьбы. Новые хозяева называют теперь свою усадьбу по названию железнодорожной станции — Бутово.
В последствии Иван Иванович Зимин предложил место управляющего в своем имении и на конном заводе племяннику — Ивану Леонтьевичу. Более двадцати лет Иван Леонтьевич безвыездно прожил в Бутове, отлучаясь в Москву лишь по делам службы. Он стал прекрасным управляющим, отлично вел хозяйство дядюшки. Конный завод для Ивана Леонтьевича, который был страстным лошадником, стал и работой, и увлечением.
В сентябре 1914 г. хозяин имения, и его племянник-управляющий (вместе со всеми своими четырьмя братьями) ушли на фронт 1-ой мировой войны. В 1915 г. оба демобилизовались и вернулись домой.
1917 г. никак не отразился в дневничке жены управляющего, известной оперной певицы Софьи Ивановны Друзякиной. Несмотря на кажущееся затишье, были все основания опасаться мародерства, разграбления имения и конного за вода в Бутове. Есть сведения, что И. А. Зимин вскоре после переворота 1917 г. пришел в местный волисполком и по пытался объяснить новому начальству, что бесценные чистопородные лошади являются достоянием государства и завод нуждается в охране. В 1918 г. имение Ивана Ивановича Зимина, как и все имения в округе, было национализировано.
В 1922 г. четыре хозяйства — бывшие усадьбы Щербинка, Быковка, Саарбеково и само зиминское хозяйство с конным заводом — были объединены в сельхоз «Зиминское». Конный за вод «Зиминское», переименованный в 1924 г. в конезавод им. Л. Б. Каменева, был в десятке лучших в стране.
В 1930 г. произошли большие перемены: раскулачивание и высылки стали повсеместным явлением. В марте 1930 г. решением президиума Ленинского РИК дом Ивана Леонтьевича «со всеми надворными постройками был изъят» «у бывшего помещика Зимина».
В 1934 г. «трендепо», что было оборудовано на месте бу товского конесовхоза, ликвидировали. 9 марта 1934 г. на десяти подводах в Бутово вслед за подростками привезли взрослых заключенных. Подростков расселили по нескольким бывшим имениям, взрослых заключенных поместили сначала в пустом двухэтажном доме около ЖД станции Бутово, где их продержали в холоде, без еды, питья и без выхода на оправку три дня. Затем их перевезли в бывшие конюшни Зиминых, наскоро приспособленные под тюремные помещения. К принудительным работам на полях НКВД привлекалось тогда и местное свободное население — на один-два дня в неделю.
Дороги и тропинки, по которым местные жители с детства ходили в соседние деревни перегородили колючей проволокой. Появились два поста со шлагбаумами и часовые при них. Огороженная колючей проволокой площадь составила около двух квадратных километров.
Вскоре жителям ближайших деревень стало известно, что на огороженной территории будет устроен стрелковый полигон.
В конце 1936 — начале 1937 г. в результате непрерывных политических процессов и многочисленных «чисток» было вынесено большое число смертных приговоров. Кладбищенское хозяйство Москвы с таким потоком захоронений уже не могло справиться. Тогда, вероятно, и возникла идея обоборудовании спецобъектов в ближайшем Подмосковье.
Было намечено три таких места: Бутовский полигон на 18-м км Старо-Варшавского шоссе, бывшая дача Ягоды на землях совхоза НКВД «Коммунарка», расположенная на 24-м км Старо-Калужского шоссе, и Люберецкие мелиоративные поля (последняя территория не была использована, а оставалась как резерв).
Больше всего приговоренных к расстрелу поставляла на Бутовский полигон Таганская тюрьма, в меньшей степени — Бутырская и Сретенская. Арестованных в Московской области и прошедших все муки ада в каких-ни будь местных отделениях милиции или районных УНКВД везли в Москву; здесь их фотографировали «в фас и про филь», оформляли документы и отправляли в Бутово.
Прохожих, возвращавшихся домой с ночного поезда, об гоняли «воронки», крытые автозаки. Машины ехали с ревом по разбитой лесной дороге. Их было иногда две-три, иногда — до десяти.
Прошли годы сомнительной, так называемой «бериев ской реабилитации» — 1939-й, 1940-й, начало 1941 г. В 1942—1943 гг. Бутовский полигон из ведения Московского управления НКВД перешел в ведение Центра. С этих пор приведение приговоров в исполнение и захоронение тел по приговорам судебных органов, относящимся к ведению Центра, должно было происходить именно в Бутове.
Какое-то очень непродолжительное время полигон ис пользовался по своему прямому назначению: здесь испытывали корпуса ЗИС-110с.
Бутовская сельскохозяйственная колония НКВД в годы войны продолжала действовать. А вскоре и здесь, в Бутове, и на Щербинке были устроены лагеря для военно пленных. В 1946—1949 гг. бывший конный двор Зимина подвергся кардинальной перестройке. На фасаде здания появилась доска с выбитой на ней надписью «АРХИВ 1949». Но никакого архива здесь никогда не было (по рассказам местных жителей).
После войны сады, оставшиеся от прошлых хозяйств, продолжали обрабатывать советские заключенные. Территория полигона в 5,8 гектара, где были сосредоточены наиболее массовые захоронения, в 1951 г. обнесли высоким деревянным забором, протянули по верху колю чую проволоку. Погребальные рвы выходили за пределы огороженной территории, но это никого не смущало. Над одним из рвов был выстроен барак для хранения, затем в нем был устроен свинарник подсобного хозяйства МТБ. С 1952 г. сады вокруг огороженной части полигона стали выкорчевывать. На их месте началось строительство дач для сотрудников — офицеров госбезопасности.
В начале 1970-х гг. обветшавший забор вокруг зоны захоронений был обновлен. До конца 1980-х — начала 1990-х гг. молодые сотрудники НКВД, служившие в охране на Бутовском полигоне, и понятия не имели, что они тут круглосуточно охраняли и какую такую ценность представляли собой одичавшие яблони или непроходимые заросли борщевика.